1. Enter Sandman (part 1)
In 1991 begint de jonge Leroy J. Gibbs aan zijn nieuwe opdracht bij de NIS-afdeling in Camp Pendleton. Als 'probie' werkt hij aan zijn eerste zaak samen met zijn toekomstige mentor, de jonge Mike Franks, rond een sluipschutteronderzoek.
2. Enter Sandman (part 2)
In 1991 zet de jonge Leroy J. Gibbs, als nieuwe NIS-agent in Camp Pendleton, samen met zijn toekomstige mentor Mike Franks het onderzoek naar een sluipschutterzaak verder.
Een moord nabij Camp Pendleton leidt Gibbs en het team naar een winkelcentrum in San Diego, waar Gibbs het heft in eigen handen neemt. Jackson Gibbs brengt Franks onverwacht een bezoek.
Terwijl hij nog rouwt om het verlies van zijn vrouw en dochter, helpt Gibbs het team bij een zaak rond een vermist meisje. Ook wordt het moment onthuld dat zijn leven voorgoed veranderde.
Nu de executie van een gevangene nadert, probeert Franks op tijd de locatie van een vermist lichaam te achterhalen om een belofte aan de zus van het slachtoffer na te komen.
Gibbs gaat voor het eerst undercover met Lala terwijl NIS een zaak onderzoekt rond een overleden matroos die mogelijk staatsgeheimen heeft gelekt.
NIS onderzoekt de moord op een vrouw met dementie. In flashbacks wordt ook onthuld hoe Gibbs Franks voor het eerst ontmoette.
Gibbs en het team onderzoeken de moord op een priester in de biechtstoel. Randy leert Gibbs ondertussen hoe hij een beschermingsopdracht uitvoert.
De zaak van een vermiste vrouw leidt het team naar Mexico, waar ze een mogelijke link met Gibbs' verleden ontdekken.
Terwijl Gibbs zich voorbereidt op zijn eerste Kerst zonder zijn vrouw en dochter, tonen flashbacks zijn weg naar zijn eerste dag als speciaal agent.
Het team onderzoekt de dood van de zoon van een Marine-commandant. Ondertussen wordt een belangrijk stuk uit Franks' familieverleden onthuld.
Na een inbraak in de bewijskamer en verdwijning van geld onderzoekt het team een verband met een eerdere zaak. Lala opent zich tegenover Gibbs.
Het team onderzoekt de brute moord op een oorlogsveteraan uit Vietnam. Franks blikt terug op zijn eigen verleden na de oorlog, terwijl Gibbs nadenkt over zijn toekomst.
Het team onderzoekt de dood van een financieel adviseur kort na haar vrijlating uit de gevangenis. Mary Jo krijgt onverwacht persoonlijk nieuws.
Een militair sergeant wordt dood aangetroffen in haar uitgebrande auto. Franks vermoedt een link met een aanval op zijn vervreemde vrouw.
Bugs neemt onverwacht contact op met Vera en wil opnieuw vragen beantwoorden, maar trekt zich daarna terug. Het team moet snel handelen om een nieuwe tragedie te voorkomen.
17. Darlin', Don't Refrain
Na de schokkende ontwikkelingen in de Sandman-zaak werkt het team samen met de FBI. Wheeler komt onder druk te staan terwijl zijn gezin in crisis raakt.
Wanneer de moord op Pedro Hernandez opnieuw wordt onderzocht, komt Gibbs voor een morele afrekening te staan, terwijl de loyaliteit binnen het team op de proef wordt gesteld.