Astronaut Molly Woods probeert opnieuw contact te maken met haar echtgenoot John en zoon Ethan nadat ze terugkeert van een 13 maanden durende solomissie in de ruimte.
Na een inzinking en een visioen van haar ontmoeting op de Seraphim stemt Sam in met een echo om meer te leren over haar mysterieuze zwangerschap. Molly confronteert intussen Kryger, die de verontrustende details van zijn eigen missie onthult.
Molly moet beslissen of ze haar zwangerschap aan John vertelt nadat hij haar afzijdige gedrag bespreekt. Tegelijkertijd maken zij en John kennis met ouders die wantrouwig staan tegenover Ethan bij zijn eerste schooldag.
Wanneer Sparks probeert Molly te isoleren, zoeken zij en haar gezin toevlucht op een afgelegen eiland bij haar vervreemde vader Quinn. Als de organisatie hen opspoort, komt Ethan in groot gevaar.
5. What on Earth is Wrong?
De geldigheid van Molly's zwangerschap wordt betwijfeld, waardoor John twijfelt aan haar geestelijke gesteldheid. Ethan lijdt ondertussen een ernstig verlies, en John en Julie botsen over zijn verzorging.
Molly ontdekt beeldmateriaal dat mogelijk onthult waarom de ISEA haar voor de solomissie koos. Ethan beleeft zijn eerste droom, een onverwachte ontwikkeling, terwijl Julie zich afleidt met een mysterieuze man uit de sportschool.
7. More in Heaven & Earth
Molly is ervan overtuigd dat de organisatie haar baby bezit en wil erachter komen waar. John ontdekt ondertussen verbluffende nieuwe ontwikkelingen in Ethan's programmering en Kern gijzelt Kryger om het belastende filmpje terug te krijgen.
Wanneer Molly leert dat haar baby leeft, bedenkt ze samen met Kern en Kryger een plan om hem te onderscheppen voordat Sparks en Yasumoto hem verplaatsen. John probeert intussen bij te blijven met Ethan's snelle ontwikkeling.
Sparks, beïnvloed door het visioen van zijn overleden dochter, vlucht met Molly's baby naar een afgelegen locatie. Yasumoto en Molly moeten samenwerken om het kind te vinden.
Terwijl Molly haar "nakomeling" nadert, ontdekt John dat Yasumoto mogelijk niet het beste met zijn gezin voorheeft. Sparks zet alles op alles om het kind in leven te houden en de visioenen van zijn dochter te behouden.
Naarmate de krachten van het kind toenemen, leert Molly over Yasumoto's pijnlijke weg naar onsterfelijkheid. Sparks begint te twijfelen aan de missie, Anya neemt de leiding en Odin probeert stiekem toegang te krijgen tot Ethan's circuits.
Wanneer Molly eindelijk oog in oog staat met haar nakomeling, beseft ze dat zij mogelijk de enige is die het naderende gevaar kan stoppen. Ondertussen ontdekt Julie ernstige geheimen over Odin.
Molly keert terug naar de ruimte om de Seraphim van de aarde af te leiden en de wereldbevolking te beschermen tegen de dodelijke sporen. John ontdekt dat Odin's plan Ethan in groot gevaar heeft gebracht.