Zes maanden na de instorting van haar leven hoort Molly in een psychiatrisch ziekenhuis van bizarre sterfgevallen die lijken op die in de ruimte. Ze ontsnapt om onderzoek te doen en ontmoet rechercheur JD Richter.
Molly en JD ontdekken een andere zwangere vrouw met onverklaarbare, dodelijke symptomen, terwijl Molly haar eigen mentale stabiliteit in twijfel trekt. Ondertussen worstelt Julie met Ethan's rebellie.
Molly ontdekt eindelijk de angstaanjagende waarheid over wat er met haar zoon is gebeurd. Julie's beslissing om Ethan's geheugen te wissen, heeft bovendien verontrustende gevolgen.
Terwijl Molly een virus ontwikkelt om buitenaardse hybriden uit te roeien, ontdekt ze dat aliens via verborgen DNA-boodschappen met mensen proberen te communiceren. Lucy helpt Ethan te ontsnappen zodat hij zich zijn moeder herinnert.
Molly ontdekt dat Ethan nog leeft en zet alles op alles om haar zoon terug te krijgen. Verdachtmakingen rond John's dood leiden JD tot onderzoek naar Julie's mogelijke betrokkenheid.
6. You Say You Want An Evolution
Molly raakt in paniek wanneer ze merkt dat haar lichaam verandert, maar de vraag is in wat, en kan ze dit proces nog keren? Intussen verschijnt JD's ex-vrouw Dorothy plotseling om over hun dochter te praten.
Molly en JD proberen Shepherd te overtuigen om vrede te sluiten tussen mensen en hybriden. Ondertussen manipuleert Lucy Charlie om hem in een kwetsbare positie te brengen.
Na een inval van de Global Security Commission in het hybridecomplex, probeert Molly wanhopig haar zoon te redden, terwijl JD zijn dochter probeert te bevrijden uit Shepherds gevangenschap. Lucy vormt ondertussen een steeds grotere bedreiging.
Terwijl Molly bezwijkt aan het virus, komen lang vergeten herinneringen terug. Julie wordt geconfronteerd met moeilijke keuzes en de hybriden zinnen op wraak.
10. Don't Shoot the Messenger
Na een bijna-doodervaring krijgt Molly een verontrustend visioen dat haar niet loslaat. Tegelijkertijd wordt Shepherds loyaliteit aan de Global Space Commission ter discussie gesteld.
Molly, JD en Ethan achterhalen John's mysterieuze voormalige collega, die mogelijk de sleutel bezit om de Humanich-dreiging te stoppen. Julie zet Charlie in om te achterhalen waar Lucy haar orders vandaan krijgt.
Molly onthult verontrustende nieuwe details over Shepherds dood aan de GSC, terwijl Lucy een krachtige zet doet tegen mensen en hybriden die wereldwijd desastreuze gevolgen kan hebben.
Molly en JD haasten zich naar de hybriden om een Humanich-complot te stoppen dat de mensheid kan vernietigen. Lucy komt tot een schokkende ontdekking over de GSC, waardoor ze haar loyaliteit moet herzien en Ethan in gevaar brengt.